原因一：幽门螺杆菌可以引起细胞损害，引起强烈的炎症反应，当这些因素长期存在胃体时，会导致胃黏膜的慢性炎症感染。感染幽门螺杆菌后，基本上不能自己清除，因此慢性胃炎会反作持续存在，少部分慢性非萎缩性胃炎可发展为慢性多灶萎缩性胃炎。
原因二：幽门括约肌功能不全时含胆汁和胰液的十二指肠液反流入胃，可削弱胃黏膜屏障功能。
原因三：世界范围的对比研究显示，萎缩和肠化生发生率的地区差异大体与地区间胃癌发病率的差异相平行。这提示慢性萎缩性胃炎的发生和发展还涉及幽门螺杆菌感染之外的其他因素。而流行病学研究显示，饮食中高盐和缺乏新鲜蔬菜水果与胃黏膜萎缩、肠化生以及胃癌的发生密切相关。
原因四：自身免疫性胃炎以富含壁细胞的胃体黏膜萎缩为主;患者血液中存在自身抗体如壁细胞抗体，伴恶性贫血者还可查到内因子抗体;本病可伴有其他自身免疫病如桥本甲状腺炎、白癜风等。上述表现提示本病属自身免疫病。自身抗体攻击壁细胞，使壁细胞总数减少，导致胃酸分泌减少或丧失;内因子抗体与内因子结合，阻碍维生素B12吸收不良从而导致恶性贫血。
